Slovintegra získala 39-percentný akciový podiel v Slovnafte v auguste 1995 v rámci privatizácie Slovnaftu, ktorej ideou bol predaj rozhodujúcich balíkov manažérom a zamestnancom. Neskôr, po ťažkostiach Slovnaftu na prelome rokov 1999 a 2000, doň vstúpil maďarský MOL. O dva roky Slovintegra a Slovbena získali 9,98 percenta akcií MOL, čo spolu predstavovalo 10 801 578 akcií. Tento obchod súvisel so zvýšením podielu MOL v Slovnafte v júli 2002, pričom bolo zriadené krížové vlastníctvo medzi spoločnosťami MOL, Slovintegrou a Slovnaftom. Vtedy sa Slovintegra zaviazala, že počas troch rokov s týmto podielom akcií nebude obchodovať, mohla ich však predať firme MOL. Maďarská spoločnosť zvýšila svoj podiel v Slovnafte na 36,2 percenta, pričom Slovintegra si držala 28,7 percenta.
O účasti slovenských akcionárov v MOL sa objavili informácie vo februári. Vtedy Slovintegra a Slovbena oznámili, že ako účastinári MOL postupujú v zhode a ich spoločná účasť v tejto spoločnosti je 9,45 percenta akcií. Z toho Slovintegra držala 8,54 percenta akcií a zvyšných 0,91 percenta mala Slovbena.
Momentálne MOL drží v Slovnafte 98,5 percenta akcií. Svoju účasť zväčšil po vyhlásení a naplnení verejného prísľubu na jeseň minulého roka. MOL za tisíckorunovú akciu vyplácal 1 379 korún.
So spôsobom privatizácie bola nespokojná aj EBOR
Pred niekoľkými rokmi bola akcionárom Slovnaftu aj Európska pre obnovu a rozvoj (EBOR), tá však v októbri 1995, po tom, ako sa skončil predaj akcií Slovnaftu, vyjadrila nespokojnosť so spôsobom privatizácie v prospech zamestnancov. Z monitoringu českej tlače, ako ho zaznamenala TriasOnline, vyplýva, že banke EBOR sa nepáčilo najmä to, že Slovintegra kúpila v lete od Fondu národného majetku 6,4 milióna tisíckorunových akcií bez toho, že by bol na tento podiel vyhlásený tender. Za jednu akciu Slovintegra zaplatila iba 160 korún, fond jej navyše schválil veľkorysý splátkový kalendár. EBOR vtedy vyčítala fondu, že o predaji rozhodujúceho podielu akcií manažérom firmy nevedela. Krátko pred tým bola na trh uvedená medzinárodná emisia akcií Slovnaftu v celkovej hodnote 112 miliónov dolárov. Tú z väčšej časti zachránila EBOR, lebo o akcie nebol dostatočný záujem.| Štruktúra akcionárov spoločnosti MOL začiatkom marca (%) | |
| Zahraniční inštitucionálni investori | 48,2 |
| OMV | 9,1 |
| Slovintegra a Slovbena | 9,1 |
| ÁPV Rt. (fond národného majetku MR) | 11,8 |
| Maďarskí inštitucionálni investori | 8,0 |
| Maďarské fyzické osoby | 9,8 |
| MOL Rt. | 4,0 |